Ugrás a tartalomhoz

Orvosi képfeldolgozás

Emri Miklós (2011)

Debreceni Egyetem

Agyatlaszok összevetése

Agyatlaszok összevetése

Ebben a szakaszban összevetjük és elemezzük a legfontosabb, interneten szabadon letölthető agyatlaszokat. Az egészséges emberi agy atlaszaira koncentráltunk. Az összehasonlító analízis célja, hogy a célkitűzésnek megfelelően megalkothassunk egy általános atlasz fogalmat, valamint megállapíthassuk, hogy egy, a keretrendszerbe integrálandó atlasz milyen kiegészítésekkel felel meg ennek. Az analízis teszi lehetővé a célkitűzésben szereplő szoftver megtervezését is. A következő tulajdonságokat vizsgáltuk: koordináta-rendszer, map típusok, komponensek, fájlformátum és egyéb atlaszspecifikus jellemzők.

Elérhető agyatlaszok

Az elérhető agyatlaszok áttekintése után az alábbiakban ismertetett atlaszok további vizsgálata mellett döntöttünk.

Talairach Daemon

Az 1988-as post mortem Talairach-atlasz digitalizált változata. Nem valószínűségi atlasz. Hierarchikus, 5 mélységű: Hemisphere, Lobe, Gyrus, TissueType, CellType. Ezek Talairach-koordinátákon keresztül érhetők el. Elérhető On-Line alkalmazásban is. Nagyon fontos atlasz, hivatkozási alap. [key-15][talairach1988co][lancaster2000automated]

ICBM atlaszok

International Consortium for Brain Mapping által fejlesztett atlasz család. Letölthető es on-line elérhető adatbázisokat is tartalmaz.

  • Atlaszok: Human Atlasz: egy 76 éves női alany T1 MRI és post mortem 3D anatómiai képe Talairach-térben.

  • ICBM 452 T1 Atlasz: fiatal felnőtt alanyok T1 MRI felvételeinek átlaga. Két változata létezik: AFFIN AIR 12 és WARP 5 atlasz.(utóbbi pontosabb, és több részletet mutat) Az atlasz ICBM térben van.

  • ICBM DTI-81 Atlasz: Sztereotaxiális valószínűségi fehérállomány atlasz, DTI-alapú fehérállomány információkon alapul. Az ICBM 152 template-re épül, tehát MNI-térben van. Automatikus fehérállomány szegmentációhoz is használható.[key-19]

  • ICBM valószínűségi atlaszok: Az ICBM 452 template-re épül, ICBM térben van. A következő struktúrák valószínűségeit adja meg: GMQQQ, Lebenyek, Nucleusok, Sulcusok. Felfogható hierarchikus valószínűségi atlaszként is.[key-17]

  • ICBM T2 50 Template: Az ICBM térben lévő, T2-es kontrasztú MRI felvételek átlaga.

  • ICBM Template: 21 T1 MRI felvétel átlagai ugyanattól az alanytól. Az ICBM-tér alap template-je. Címkézett agyi struktúrákat is tartalmaz.

LPBA-40

LONI Probabilistic Brain Atlas. Az agy anatómiai régióinak valószínűségi atlaszait tartalmazza. Az aktivációs területek lokalizációját szolgáló atlasz. 56 db agyi struktúra probability map-jét tartalmazza. Megtalálható benne az ezen struktúrákhoz készített Maximum Probability Map is. 40 alany T1-es kontrasztú MRI felvételeinek manuális szegmentációjával készült. MNI és ICBM térben is elérhető.[key-16]

CYTO Anatomy

47 szürkeállománybeli struktúra probability map-je. MPM-et is tartalmaz. Anatómiai MNI-térben van. 10 alany post mortem metszetei alapján készült. Az SPM Matlab alapú orvosi képfeldolgozó szoftver Anatomy Toolbox [key-18] nevű bővítményének saját atlasza.

Anatomy Fiber Tracts

Az SPM Anatomy Toolbox [key-18] saját fehérállomány atlasza. 13 fehérállománybeli struktúra probability map-je. A CYTO Anatomy atlaszhoz hasonlóan tartalmaz MPM-et. Szintén anatómiai MNI-térben van és 10 alany post mortem metszetei alapján készült.

LONI Mouse Atlas

LONI valószínűségi patkány agyatlasz. 13 régió probability map-jét tartalmazza. Mivel nem emberi agyat reprezentál, egy saját, p0-averageBrain nevű template-tel rendelkezik.[key-20]

Brede

A Brede atlasz kiváló példa az agyatlaszok sokszínűségére, ugyanis esetében nem egy volumetrikus atlaszról van szó. Az adatabázis a neurológiai témájú cikkekben és közleményekben megemlített, Talairach-koordinátákban kifejezett lokalizációs információk gyűjteménye. Egy tetszőleges koordinátájú pontra történő lekérdezés eredményeképpen cikkek listáját kapjuk, a bennük említett és az általunk megadott lokalizáció távolsága szerint rendezett sorrendben. [brede]